语言教学

圣士提反书院为香港114家使用英文作为教学语言的中学之一，除中国语文、中国历史、中国语文及文化科、普通话、美术、音乐及体育外，其余所有科目均使用英文作为教学语言。

中一至中三课程

学校为中一至中三的学生提供全面而均衡的初中课程，课程内容涵盖八大学习领域(中国语文教育、英国语文教育、数学教育、个人、社会及人文教育、科学教育、科技教育、艺术教育及体育)，也融入各类校本训练及富挑战的课程，包括领袖训练、创意专题研习及服务学习计划。

中四至中六课程

学校开始为中四学生提供的香港中学文凭(HKDSE)课程，中四学生均须修读4C及3X，即中国语文、英国语文、数学及公民与社会发展(4C)，另加三个选修科(3X)，以应考香港中学文凭试。中五至中六学生开始学习为期两年的国际文凭课程(IBDP)，学生必须学习三门高级课程和三门标准课程。

圣士提反书院致力提供丰富而多元的高中课程，结合体育及音乐等非考试科目，务使课程涵盖所有八个主要学习领域 ，确保每一位学生当升读大学及求职时有充份准备。

特色课程

学校致力提供全面而均衡的课程，除常规课程外，学校另增添四个特别课程，分别:创意培训，交换生及海外沉浸课程，服务学习计划及师友计划，以发挥每个学生最好的一面，培育学生具备终生学习的技能、良好的品德及广阔的国际视野。