圣保禄学校以英语作为主要教学语言，并进行跨学科学习，采用南澳洲教育署英语主流课程的教学法，该课程荣获香港首届“行政长官卓越教育奖”。另外非华语学生可选读法文及国际普通中学教育文凭的中文，而本地学生更可选修法文、西班牙语或德语作为第三语言，学校亦经常举办到国内及海外进行的交流学习，以丰富学生语言学习的经验。

数字科技课程

圣保禄学校作为「资讯科技卓越中心」，致力推广在教与学中应用移动学习及资讯科技，支援学生网上学习，并引入崭新的校本电子书研发项目，激发学生创意思维、提升批判性思考能力、媒体欣赏及创作能力。学校为中二至中六学生提供资讯科技增润培训课程，激发学生对资讯科技的兴趣和于校园及社区中发掘资讯科技人才。

国际课程

圣保禄学校提供国际课程及评估。初一初二根据香港正常课程教学，主语为英文，只会在中文、中文历史、普通话科目中使用中文;中四学生可报考国际普通中学教育文凭试 (IGCSE) 及BTEC课程;中五与中六学生可选择报读本地课程DSE或者英国高补程度及高级程度考试GCE/International Advanced Levels(IAL-AS/AL)。