圣伯多禄天主教小学前为香港仔“圣伯多禄学校”，创办于一九五八年，位于香港仔圣伯多禄堂之邻，乃香港仔区历史最悠久的学校之一。一九八八年七月，教育署将鸭脷洲利东邨一所设有二十四个课室之新校舍，拨交天主教香港教区管理，本校遂于同年九月一日正式迁入利东邨继续教育工作，并定名为“圣伯多禄天主教小学”。

办学宗旨及校训

圣伯多禄天主教小学为一所以宗徒圣伯多禄命名的天主教小学，秉承天主教的办学理想，本著基督褔音的精神，培养学生良好的品德，具有圣伯多禄宗徒热诚、正直、朴实、勇于自省、乐于承担的特质，能独立思考及明辨是非，从而建立正确的人生观。

学校著重营造良好的学习环境，鼓励学生孜孜力学，务使其学业基础能稳如“磐石”，进而具备自学能力，并勉力实践“敬主爱人，修德力学”的校训。

学校致力培养学生之公民意识，懂得关心社会、爱护祖国，将来能回馈社会，造褔社群。