明爱乐勤学校于 1981年由香港明爱开办，为严重智障儿童提供特殊教育服务。开校初期，学校亦为学童提供“家中教学及训练”服务。

1988年，学校迁至香港湾仔圣佛兰士街 42号，成为港岛区第一所严重智障儿童学校，并开设宿舍服务。

2007年，学校迁至天水围。新校舍设计集现代美学、无障碍及环保概念，同时荣获香港建筑处及香港建筑师学会奬项。

2010年，学校开始为学生提供七天住宿服务，著力联繫社群，加强与天主教堂区联繫，让学生与教友结成伙伴，推广社区共融概念，丰润学生生活，以助学生的群性发展。

因应学校收录複杂医疗个案及接受纾缓治疗服务学生，学校开始引入〈以人为本〉概念，兼顾学习与个性发展，希望为学生营造丰盛及有色彩的人生。