约于1998年，当时位于石篱邨的圣公会主爱小学锺镜南总校长接获教育署通知，可获分配一间位于梨木树邨的重修校舍(原为中华基督教会基理小学)，而不是一间全新建造的校舍。教育署提供多一间校舍给主爱小学的目的是为协助主爱小学的上、下午班可以分拆为两间全日制小学。经过商议及聆听学生和家长的心声后，圣公会小学监理委员会(简称小监会)与主爱小学校董会本著为香港学童提供全人教育的宗旨，欣然接收这间小小的翻新校舍。保留了石篱邨“圣公会主爱小学”为一所上、下午校的学校，同时，接收梨木树的翻新校舍，建立一所全新的主爱小学，即是圣公会主爱小学(梨木树)。

最终，圣公会主爱小学(梨木树)于短期内重新招收学生，并聘请全新的教职员团队，结果于1999年正式创校并开办9班。学校一直秉承圣公会“非以役人 乃役于人”的办学精神来服侍在荃湾及葵青区，特别是梨木树邨的坊众，用心教养孩子。随著入读学生人数持续增加，学校更于2000年扩班至18班，本年度开办17班，继续实践基督教全人教育的理想。