拔萃男书院是一所同时提供香港本地高中课程(DSE)及开设国际文凭大学预科(IBDP)课程的直资中学。

在课程设置上，拔萃男书院提供广泛而均衡的本地DSE课程，完成中六最后一年后，学生将参加香港中学文凭考试(DSE)。

拔萃男书院为中五及中六两个年级提供为期2年的IB课程，并且在中四阶段就为有意向申请IB课程的学生提供IB衔接课程，成功完成衔接课程的学生将自动获得拔萃男书院为期2年的国际文凭课程(IBDP)的名额。